Мастер ниндзя работает устранителем мафиозных боссов, проникая в любое здание и бесшумно устраняя своих врагов. В начале каждого уровня можно выбрать один из трех бонусов, самый классный - это прикинуться цветком, тогда можно пережидать момент, когда на героя направлена камера или взгляд охранника. Если к охраннику подойти сзади, то герой может убить его мечем, на месте убитого врага появляются пачки денег. Цель на каждом уровне - дойти до лифта. Пройдя таким образом несколько этажей, ты наконец-то повстречаешь босса, к которому нужно подкрасться несколько раз и несколько раз ударить, чтобы он умер и тогда миссия будет выполнена.